Valutare la velocità con cui i virus si diffondono e si trasmettono tra le popolazioni ospiti è fondamentale per mitigare le epidemie.
Uno studio pubblicato su PLOS Biology da Simon Dellicour dell’Università di Bruxelles (ULB), Belgio e colleghi, valuta le prestazioni delle statistiche che misurano come i virus si muovono nello spazio e nel tempo nelle popolazioni infette.
Il sequenziamento genomico consente agli epidemiologi di esaminare la storia evolutiva delle epidemie patogene e di tracciare il movimento spaziale di un’epidemia. Tuttavia, l’intensità di campionamento delle sequenze genomiche può potenzialmente influire sull’accuratezza delle intuizioni sulla dispersione ottenute tramite questi approcci evolutivi. Per valutare l’impatto della dimensione del campionamento, i ricercatori hanno simulato la diffusione di diversi patogeni per valutare tre metriche di dispersione stimate dall’analisi dei genomi virali: una velocità di dispersione del lignaggio (la velocità con cui i lignaggi si diffondono), un coefficiente di diffusione (la velocità con cui i lignaggi invadono lo spazio) e una metrica del segnale di isolamento per distanza (il modo in cui le sequenze genomiche di una popolazione diventano meno simili sulla distanza geografica).
I ricercatori hanno scoperto che le metriche del coefficiente di diffusione e del segnale di isolamento per distanza erano meno influenzate dalla dimensione/intensità del campione. Dopo aver utilizzato queste metriche per confrontare il modello di dispersione e la capacità di vari virus che si diffondono nelle popolazioni animali, hanno anche scoperto in che misura la velocità e la distanza della diffusione virale riflettono la capacità di dispersione dell’animale ospite infetto, ma possono anche essere influenzate dall’interferenza umana, come il commercio di animali. Lo studio presenta delle limitazioni; ad esempio, il framework di simulazione non ha comportato la generazione di sequenze genomiche effettive a causa di tempo e risorse limitati.
Secondo gli autori, “Nel complesso, il nostro studio fornisce raccomandazioni chiave per l’uso di metriche di dispersione del lignaggio da considerare in studi futuri e illustra la loro applicazione per confrontare la diffusione dei virus in vari contesti”.
Gli autori aggiungono: “In questo studio, valutiamo le prestazioni di varie metriche stimate dagli alberi evolutivi per quantificare la capacità di dispersione dei virus in natura. Utilizziamo quindi le metriche più performanti per confrontare il modello di dispersione di vari virus che si diffondono nelle popolazioni animali, il che rivela un’ampia gamma di velocità di diffusione che riflettono principalmente la capacità di dispersione delle principali specie ospiti infette ma anche, in alcuni casi, la probabile firma di eventi di dispersione rapidi e/o a lunga distanza guidati da movimenti mediati dall’uomo attraverso il commercio di animali”.
Accedi al documento disponibile gratuitamente in PLOS Biology
Contatti: Simon Dellicour, simon.dellicour@ulb.be
Didascalia dell’immagine : Illustrazione generata con DALL-E 3 (sviluppato da OpenAI) utilizzando la seguente richiesta: “genera un’illustrazione della diffusione del virus dell’influenza aviaria”. L’illustrazione è stata ulteriormente modificata utilizzando Photoshop 26.0.0.
Crediti immagine : Simon Dellicour, creato con DALL-E (CC-BY 4.0)
